Program Tahfidzul Qur’an yang ketat dan terstruktur di pesantren sering kali dihubungkan dengan peningkatan kualitas intelektual santri. Dampak Program Tahfidz tidak hanya terbatas pada kemampuan menghafal, tetapi juga merambah ke ranah kognitif seperti peningkatan fokus, memori kerja (working memory), dan kemampuan pemecahan masalah. Dampak Program Tahfidz yang positif ini menjadikan santri penghafal Al-Qur’an memiliki keunggulan kompetitif, tidak hanya di bidang agama, tetapi juga di mata pelajaran umum. Dampak Program Tahfidz ini adalah hasil langsung dari disiplin otak yang tinggi.
Peningkatan daya ingat adalah efek kognitif paling nyata. Proses menghafal Al-Qur’an—yang melibatkan ziyadah (hafalan baru) dan muroja’ah (pengulangan hafalan lama) secara simultan—memaksa otak untuk bekerja keras dalam membangun dan memperkuat jalur saraf. Santri harus mengingat urutan ayat, posisi baris, hingga kesamaan bunyi (mutasyabihat) di seluruh 30 juz. Latihan memori yang intensif ini terbukti meningkatkan kapasitas penyimpanan dan penarikan informasi. Sebuah studi neuropsikologi dari Universitas Pendidikan Nasional pada tanggal 22 Maret 2025, menemukan bahwa santri tahfidz memiliki skor tes memori jangka pendek dan panjang yang rata-rata 15% lebih tinggi dibandingkan kelompok kontrol non-penghafal, mengindikasikan perkembangan signifikan pada hippocampus, bagian otak yang bertanggung jawab atas memori.
Selain daya ingat, fokus dan konsentrasi santri juga meningkat drastis. Proses muroja’ah yang menuntut pengulangan berjam-jam setiap hari melatih santri untuk mempertahankan perhatian pada satu tugas dalam waktu yang lama. Selama setoran kepada muhafizh, santri harus menjaga konsentrasi penuh untuk menghindari kesalahan tajwid dan kelupaan, karena koreksi yang didapat bersifat langsung. Kemampuan untuk fokus ini kemudian terbawa ke dalam kegiatan belajar lainnya, seperti saat mengikuti pelajaran Kurikulum Nasional (Matematika, Biologi, dll.) dan saat muroja’ah Kitab Kuning.
Disiplin waktu dan manajemen diri yang ketat juga merupakan bagian integral dari Dampak Program Tahfidz. Santri tahfidz harus bangun sangat pagi (sekitar pukul 03.00), mengatur waktu antara setoran, muroja’ah, dan pelajaran sekolah formal, semuanya dilakukan sebelum jam 22.00 malam. Jadwal yang padat dan terstruktur ini secara tidak langsung melatih fungsi eksekutif otak, yaitu kemampuan merencanakan, memprioritaskan, dan mengendalikan diri. Dengan menggabungkan latihan memori intensif dan tuntutan disiplin diri yang tinggi, program tahfidz terbukti bukan hanya mencetak hafizh, tetapi juga individu yang memiliki kecakapan kognitif dan karakter yang superior.